Fernand Ouellet dirige depuis 1972 le programme de maîtrise en sciences humaines des religions à l'Université de Sherbrooke. Dans le cadre de ce programme qui cherche à introduire une perspective ethno-sociologique et interculturelle dans l'étude des phénomènes religieux, il a organisé, à l'intention des enseignants, plusieurs voyages d'études en Asie du Sud, auy Moyen-Orient et chez les Autochtones du Québec.